Året er 1953. Prøvetiden på Fredenslund Sygehus er forbi, og de unge aspiranter er nu rigtige førsteårselever. De får for alvor ansvar for patienter og pårørende - men det er svært at holde fokus på de mange nye udfordringer, når følelser og ambitioner tager over.

Følelserne blomstrer mellem Erik og Anna, men det er vanskeligt at balancere kærligheden med arbejde og skolegang. Erik har stadigt svært ved at følge hospitalets regler, og han kommer i alvorlige problemer, da hans gode hjerte igen løber af med ham i forsøget på at hjælpe patienterne.

Den mandlige sygeplejeelev Aksel Rasmussen flytter fra Fredenslunds afdeling C til den travle afdeling B, hvor han skal hjælpe til sammen med Erik, Bjørn og Peter. Travlheden gør, at den strenge frøken Madsen giver alle eleverne ekstra vagter - på nær Anna, som til sin store frustration mistænker, at hun får ufrivillig særbehandling.

Den uretfærdige forskelsbehandling og de konservative regler for patientpleje irriterer Anna. Hun beslutter derfor at oprette en elevforening, der skal kæmpe for bedre arbejdsforhold for eleverne og gøre op med hospitalets forstokkede regler. Hun får stor opbakning fra sine elevkammerater, men det bliver ikke en let kamp, og især venskabet til Peter bliver sat på prøve.

Samtidig bliver overlæge Bent Neergaard slået ud af kurs, da hans kone, Nina, vender hjem fra sit ophold på Jutlandia og begærer skilsmisse. Bent mister fokus fra sit ellers banebrydende arbejde med mavesårsforskning, og den unge reservelæge doktor Friis ser sit snit til at træde til og overtage Bents plads.

'Sygeplejeskolen II' er produceret af SF Studios med producer Senia Dremstrup, manuskriptforfatterne Claudia Boderke og Lars Mering samt de to instruktører Roni Ezra og Lars Kaalund i spidsen.